O Programa Prefeitura Destaque MS visa proporcionar aos Gestores Municipais Indicadores de Gestão com o objetivo de auxiliá-los na eficaz realização do seu propósito, na identificação de pontos de melhoria e na otimização dos serviços prestados para a sociedade. O programa se baseia em quatro pilares: 1- Avaliação na transparência, com informações da CGU e MPF; 2 - Avaliação pelo Índice Geral de Governança do TCU; 3- IEGM - Índice de Efetividade da Gestão Municipal; 4- Qualidade nas informações e documentos enviados ao TCE-MS pelos Sistemas e-Contas / Sicom / Sicap / LRF / e-Protocolo.